本所課程規劃注重理論與實驗，積極整合生命科學、生物技術與工程學門各領域知識開設之課程包含必修課程－書報討論、生化工程學、細胞生物學、生物化學特論、微生物學特論，及提供計三十門的選修課程。
針對研究生所設計跨領域之特色課程---暑期先修實驗
提供一個先修實驗課程，包含了微生物學、生物技術、微生物遺傳以及生化工程學的實驗課程，提出問題，引導學生解決問題，進而了解大學所學如何應用於生物技術領域。
這個課程包含了以下創新特質：
- 本課程大幅修正實驗課程內容－傳統的實作課程以「工具導向」為出發點，學習一個又一個實驗方法與工具。各課程是獨立的，甚至每一個課堂學習也是獨立的。在這種學習過程中，學生可以獲得所需的技術，但是很難有一個完整的概念。在本計畫中，一個階段的實驗課程皆為「問題導向」的課程，希望學生除了學會基本技能外，最重要的是了解這些基本生物技能如何與自身所學相結合，學習自我思考能力、解決老師所提出的問題。
- 融合三門學科
- 微生物學－微生物學是生技產業中非常重要的一環，也是元智生技所發展的重點，因此在本課程的前三分之一，微生物學課程。學生除了各種基本微生物實驗技巧外，也依照教師所列需求，尋找不同特性，具有工業潛力的菌株。
- 微生物遺傳學－微生物改質是將效率不佳的菌株改質為具實際應用價值主要方法，我們將設計一個簡單 的實驗，讓微生物產生各種有用的酵素，並進行純化與分析。
- 生化工程學－我們以工業生產菌株為對象，教導學生如何操作發酵槽、並找到最好的生產條件。
- 產業互動：將生技所、化材所合作執行的產學計畫所面臨的問題，導入課程中，引導學生思考可能的解決方法，並進行初步的探討。
