台灣由於在過去數十年來工商業的迅速發展，土壤與水的污染也伴隨著經濟成長而來。本實驗室致力於本土各種特殊環境中，微生物多樣性及其應用的研究，研究核心則是藉由研究台灣本土菌株，探討其應用於臺灣各種重要的環境污染的整治的可能性，並評估其對環境毒理(environmental toxicology)與人體健康之影。
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Chien C-C* , Kao C-M, Chen D-Y, Chen SC, Chen C-C. (2014) Biotransformation of trinitrotoluene (TNT) by Pseudomonas spp. isolated from a TNT-contaminated environment. Environ Toxicol Chem 33 (5):1059-1063. [SCI Environmental Sciences 2014 Rank Factor(%) 20.4 ]
本實驗室研究主軸為探討本土環境中各種微生物應用於環境復育的研究方法與技術，包括重金屬污染環境微生物多樣性及其應用與TNT 污染環境本土菌株的開發等。本論文主旨為篩選降解三硝基甲苯之本土菌株，對可使用TNT 為碳氮源的兩株本土分離純化之菌株 (Pseudomonas putida strainTP1 與 Pseudomonas aeruginosa strain TP6)進行對TNT降解能力之確認，評估三硝基甲苯污染場址的生物整治可行性探討。
圖一、 三硝基甲苯結構圖
圖二、利用HPLC分析火炸藥成分
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Chien C-C *, Wang L-J, Lin W-R (2014) Polyhydroxybutyrate accumulation by a cadmium-resistant strain of Cupriavidus taiwanensis. J Taiwan Ins Chem Eng 45 (4): 1164-1169. [SCI Engineering, Chemical 2014 Rank Factor(%) 14.2]
本實驗室研究主軸之一為進行微生物生產生物可降解塑膠。主要的研究內容包括由環境中分離培養可生產累積聚羥基（polyhydroxyalkanoates，PHA）的菌種，並研究其合成PHA 的基因與機制，進一步利用這些資訊以分子生物技術以及基因工程對PHA 生產菌株進行菌株改良。本論文內容則是涵蓋本實驗室在此一主題與另一主要研究主題 – 微生物耐受重金屬之機制的研究，探討由二仁溪流域底泥中分離純化兼具重金屬耐受能力與可合成PHA之本土菌株Cupriavidus taiwanensis EJ02，評估在含重金屬環境下PHA累積的情形。
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Chien, C.-C.*, Lin, B.-C., Wu, C.-H. (2013) Biofilm formation and heavy metal resistance by an environmental Pseudomonas sp. Biochem Eng J 78:132-137. [SCI Engineering, Chemical 2014 Rank Factor(%) 23.9]
本實驗室研究主軸為探討本土環境中各種微生物應用於環境復育的研究方法與技術，包括重金屬污染環境微生物多樣性及其應用與TNT 污染環境本土菌株的開發等。本篇論文為從二仁溪流域底泥中分離純化之本土耐受重金屬之菌株Pseudomonas sp. EJ01的探討，分析菌株形成生物膜與其耐受重金屬能力之關聯性，並利用轉位子突變法針對形成生物膜能力之突變株篩選，結果顯示生物膜的合成能力與菌株耐受重金屬及吸附重金屬之能力均具有相關性。
圖三、 Pseudomonas sp. EJ01 與其突變株m3055形成生物膜之能力